ムーバブルタイプのインストール失敗＞文字化け

お客様のＷｅｂサイト構築にムーバブルタイプを利用しています。

レンタルサーバー（シックスアパート）に書かれている方法でインストールするとルートに設置したWebページが何故か文字化けします。意味不明。

とりあえず、症状を羅列してみる。

• サーバーにFTPソフトでアップロードしたファイルは文字化けしない
• データベースはmsqlとsqlite両方を試した
• インデックステンプレートに「あああああああああ」だけ（タグなし）で記入しても文字化け
• ルート以外のディレクトリなら文字化けしない
  つまり、ムーバブルタイプではき出したルートのWebページだけが文字化け